1991 in beiden Falkenseer Kirchenlokalen wird eine Satelliten-Übertragungsanlage installiert, die den Empfang von Gottesdiensten aus anderen Orten in Bild und Ton ermöglicht.
1992 Die Finkenkruger Gemeinde renoviert in Eigenleistung innerhalb einer Woche ihr Kirchenlokal.
1993 Die Neuapostolische Kirche veranstaltet ein öffentliches Konzert in der Stadthalle Falkensee. Am 27. November musizieren der sogenannte Gruppenchor, bestehend aus Sängerinnen und Sängern der umliegenden Gemeinden gemeinsam mit dem Berliner Schallplattenchor und dem Westberliner Orchester der Neuapostolischen Kirche zum Advent. Unter den 353 Gästen befand sich auch der damalige Falkenseer Bürgermeister Jürgen Bigalke.
1994 Am 9. Oktober findet aus Anlass des 80-jährigen Bestehens der Kirchengemeinde Falkensee eine Feierstunde statt an der auch viele ehemalige Falkenseer Gemeindemitglieder teilnehmen.
1996 Nachdem die Hausmeisterwohnung der Kirche im Paul-Simmel-Weg freigeworden ist, werden dort Unterrichtsräume für Kinder hergerichtet. Dadurch können Kindergottesdienst und Vorsonntagsschule nunmehr parallel zum Gottesdienst am Sonntagvormittag stattfinden.
1997/98 Am 20. September 1997 wird zum Erntedankfest ein Singen in der Stadthalle durchgeführt. Apostel Hans-Jürgen Berndt führt durch das Programm, an dem sich das Berliner Orchester II, der Bezirkschor Potsdam, Sängerinnen und Sänger der Gemeinden Falkensee und Finkenkrug sowie Solisten beteiligen. Es konnten über 500 Anwesende begrüßt werden.
Im September 1997 beginnen nochmals umfangreiche Sanierungsarbeiten in der Finkenkruger Kirche im Paul-Simmel-Weg: Die bisherige Sakristei wird vergrößert und durch Einbau eines großen Fensters mit Blick auf den Altar zum Mutter-Kind-Raum gestaltet. Die neue Sakristei wird in das Obergeschoss verlegt und dient gleichzeitig als Unterrichtsraum. Bis Anfang 1998 wurden auch in weiteren Innenräumen notwendige Modernisierungen vorgenommen
Am 28. Dezember 1997 versetzt Bezirksapostel Fritz Schröder den Gemeindevorsteher der Gemeinde Falkensee, Werner Brandt, in einem feierlichen Gottesdienst in Potsdam in den Ruhestand. Mehr als 37 Jahre hat Werner Brandt der Gemeinde Falkensee als Vorsteher gedient, davon 28 Jahre im Hirtenamt. Der Bezirksapostel ordiniert den bisherigen Vorsteher von Hennigsdorf, Priester Ulrich Baumgart, zum Gemeindeevangelisten und beauftragt ihn mit der Leitung der Gemeinde Falkensee.
Der neue Vorsteher beginnt seine Tätigkeit unter besonderen organisatorischen Herausforderungen, denn die Kirche in der Slabystraße soll umfassend saniert und umgebaut werden. Fachkundige Unterstützung findet er darin durch „Ober-Bauleiter“ Diakon Bernd Metlitzky. Im Januar wird mit der Trockenlegung des Kellers und Abrissarbeiten begonnen. Bis Anfang Juli finden die Gottesdienste noch regelmäßig in der Slabystraße statt, dazu muss die Baustelle jedes Mal entsprechend hergerichtet werden.
Ab 9. Juli genießen die Falkenseer in der Gemeinde Finkenkrug Gastrecht. Wegen der räumlichen Begrenztheit werden die Gottesdienste im „Schichtbetrieb“ durchgeführt. Sonntagsvormittags von 9 bis 10 Uhr für die Finkenkruger Geschwister, von 11 bis 12 Uhr für die Falkenseer. In nur 10 Monaten wird der gesamte Umbau realisiert. Das Dach und die Fenster werden erneuert, die Haustechnik modernisiert und neue Sanitäranlagen eingebaut. Die ehemalige Hausmeisterwohnung ist für gemeinschaftliche Zwecke zu Unterrichts- und Versammlungsräumen ausgebaut worden. Der Altar wird neugestaltet. Das ganze Gebäude wird innen und außen gestrichen und die Außenanlagen neu angelegt. Im Zuge der Bauarbeiten wird auch die Orgel generalüberholt, erweitert und in die Mitte der Empore verschoben. Etwa 140 Gemeindemitglieder aus Falkensee und umliegenden Gemeinden haben hierfür unentgeltlich rund 8.400 Arbeitsstunden geleistet. Dadurch sind die durch professionelle Firmen auszuführenden Arbeiten auf ein Minimum reduziert worden. Am 22. November 1998 wird die Kirche in der Slabystraße durch Bezirksapostel Fritz Schröder neu geweiht. In diesem Gottesdienst wird zudem die Gemeinde Dallgow/Elstal in die Gemeinde Falkensee integriert.
1999 Am 19. April zieht Hirte i. R. Werner Brandt nach kurzem Ruhestand überraschend in die Ewigkeit. Über 380 Menschen nehmen am 24. April auf dem Friedhof in Schönwalde Abschied.
2000 Von Juli bis November wird in der Finkenkruger Kirche eine Außensanierung durchgeführt. Das Kirchengebäude wird gedämmt und die Wände mit Rauputz versehen sowie eine neue Eingangstür eingebaut. Auf dem Grundstück werden einige marode Nebengebäude abgerissen, ein Stück Zaun gesetzt und der Hof neu gepflastert.
In Falkensee wird ein Bläserchor unter Leitung von Diakon Norbert Erb gegründet, der die Gemeinde viele Jahre erfreut.
Der Ältestenbezirk Potsdam wird in die Bezirke Brandenburg und Potsdam aufgeteilt. Die Falkenseer Gemeinden gehören nun zum Unterbezirk Potsdam. Am 17. September wird der bisherige Bezirksevangelist Lothar Apt zum Bezirksältesten für den Bezirk Potsdam ordiniert. Zur Unterstützung wird der Vorsteher der Gemeinde Finkenkrug, Hartmut Schwichtenberg, zum Bezirksevangelisten gesetzt.
Die Falkenseer und Finkenkruger Gemeindemitglieder erleben ein gemeinsames Herbstfest mit Drachensteigen und Lagerfeuer. Die Möglichkeit solcher Begegnungen wird auch in den folgenden Jahren immer wieder wahrgenommen.
2001 Sängerinnen und Sänger der Gemeinden Falkensee und Finkenkrug wirken am 27. Oktober an einem Benefizkonzert zugunsten der Lebenshilfe e. V. in der Stadthalle Velten mit.
2002 Am 24. März wird Bezirksevangelist Hartmut Schwichtenberg von seinem Vorsteherauftrag für die Gemeinde Finkenkrug entbunden. Er diente darin 17 Jahre. Als neuer Vorsteher empfängt Priester Bernd Lehmann durch Bezirksapostel Fritz Schröder das Evangelistenamt.
2004 Aus Anlass des 90-jährigen Kirchenjubiläums der Gemeinde Falkensee erscheint eine umfangreiche und reichbebilderte Chronik. Ende August wird das Jubiläum mit einem Festgottesdienst, Gesang und einem Tag der offenen Tür gefeiert. Knapp 600 Teilnehmer werden an diesem Wochenende gezählt.
In einem Gottesdienst in Berlin-Lichtenberg empfängt der Falkenseer Vorsteher Ulrich Baumgart am 19. September durch Bezirksapostel Fritz Schröder das Hirtenamt. In diesem Amt dient er der Gemeinde Falkensee bis zu seiner Ruhesetzung 2009.